Devido a este amplo mosaico, a biodiversidade florística é certamente grande, embora não seja possível uma avaliação mais precisa neste momento.

A formação florística predominante no Santuário e arredores é "Vegetação com Influência Marinha (Restinga)", segundo a "Classificação da Vegetação Brasileira Adaptada a um Sistema Universal" do projeto RADAM-BRASIL, que é a mesma sugerida por VELLOSO, H.P., RANGEL FILHO, A.L.R. & LIMA, J.C.A.. (1991).

Restinga (ou vegetação de restinga) em sentido botânico representa o conjunto de comunidades vegetais fisionomicamente distintas, sob influência marinha e flúvio-marinha, distribuídas em mosaico e que ocorrem em áreas com grande diversidade ecológica (Sugiyama, 1998). A restinga é um ambiente geologicamente recente e as espécies que a colonizam são principalmente provenientes de outros ecossistemas (Floresta Atlântica, tabuleiro e caatinga), porém com variações fenotípicas devido às condições diferentes do seu ambiente original (Freire, 1990). A diversidade morfológica mostrada nesta região, influenciada pela ação da água do mar e dos ventos constantes, propicia a formação de muitos habitats e, conseqüentemente, o aparecimento de uma flora rica e variada (Rizzini, 1979; Araújo, 1984).

A floresta é classificada como "seca perenifólia" mas ainda não foi feito um estudo a longo prazo dos ciclos de mudança de folhas, de floração e de frutificação.

Na área do Santuário, a vegetação beirando a falésia é, na maior parte, natural, e no restante da área do Santuário, há 22 anos, está sendo encorajado o reflorestamento natural, de forma a se manter intacta, pelo menos, a mini-ecologia de aves e pequenos animais.

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